Die Führung geht aus vom historischen Ort Flandernbunker und gibt dazu grundlegende Erläuterungen. Ebenso gibt es Informationen zu den laufenden Ausstellungen wie „Bomben und Traumata...“, „Erinnerungen an den U-Bootbunker Kilian“ oder „Der Flandernbunker im künstlerischen Blick“ mit Arbeiten von Schülerinnen und Schülern die Freien Kunstschule Kiel. Als weitere Schwerpunkte werden die Zeit des Nationalsozialismus und der Zweite Weltkrieg in Kiel thematisiert, was besonders durch die Ausstellung „Bunker – Bomben – Menschen“ unterstützt wird.